Svět je ve stavu izolace. Příčinou jsou záhadné hlubinné entity, které námořnictvo nazvalo „hlubinná flotila“ a jejich převzetí moří izolovalo všechny země světa od sebe. Odmítají jen nečinně sedět a nechat hlubinnou flotilu svou cestu, všechny země světa shromažďují své zdroje, aby vytvořily novou zbraň k boji proti nim ... zbraň, která je srovnatelná silou té bitevní lodi ... a její jméno je: Fleet Girls. Bude tato nová zbraň stačit k boji proti hlubinné flotile? Bude prapor, který byl právě vyslán na námořní základnu, kde jsou „Fleet Girls“ drženy, schopen pomoci v jejich boji ... Pouze čas ukáže, jak se tato válka proti hlubinné flotile začne rozvíjet.