Mei no Naisho se točí kolem života titulní postavy Mei Haruny, zženštilého mladého chlapce, kterého vychovala jeho matka čarodějnice jako dívku a vždy si o sobě myslela, že je žena. Jeho matka byla jediná rodina, kterou měl, takže poté, co zemřela, přestoupil na dívčí střední školu a přišel bydlet do školní ložnice se svou povědomou známou kočkou Abelovou a jeho spolubydlící Fuuka Honjou, která je také členkou výbor pro veřejnou morálku. Krátce po příjezdu do školy jeho noví kamarádi po kouzelném představení v lázních na koleji zjistili, že je ve skutečnosti muž, i když to pro něj bylo docela šokující, přestože si byl vědom fyzických rozdílů mezi ním a normálními dívkami. Přesto, že se o něm dozvěděli, a po nějakém užitečném zásahu zvráceného předsedy studentské rady, ředitel školy rozhodl, že ve škole může zůstat. Na druhý den, Mei přijde do školy s Fuuka a omlouvá se za skrytí skutečnosti, že byl čarodějnice, a informuje ostatní, jak je zjevně muž. Ostatní studenti ho rychle přijmou za svého vlastního a udělají dojem, že dokáže používat magii.
